제주도가 도내 출자·출연기관 등 공기관에서 과도하게 납부된 부가가치세를 환급받기 위해 납부현황파악과 전담팀(T/F) 구성에 나선다.

도내 출자·출연기관 및 공기업이 17개인만큼, 과오납 사실이 확인될 경우 최근 5년간의 환급금과 환급가산금은 수십억원에 달할 것으로 전망된다. 

오영훈 제주도지사는 17일 열린 제주도의회 제411회 제2차 정례회 제3차 본회의 도정질문 자리에서 "2021년도 결산 과정에서 출자·출연기관에 대한 부가가치세 과오납 부분에 대한 확인이 있었다"며 "관련 T/F팀을 조기에 구성해 즉각 대응해 나가겠다"고 밝혔다.

이날 더불어민주당 현지홍 의원(비례대표)은 제주도가 도내 한 출자·출연기관에 공기관 위탁사업을 주는 과정에서 1억5000만원 정도의 부가가치세가 과오납됐다고 주장했다.

현지홍 의원은 "부가가치세는 소득을 기준 삼아 납부하는 것으로, 출자·출연기관의 소득은 대행사업 수수료뿐이다. 나머지는 제주도의 재화"라며 "결국 해당 기관에서 실질적으로 납부해야하는 부가가치세는 대행사업 수수료의 10%인 2000만원 수준인 셈"이라고 지적했다.

'부가가치세법' 제26조는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화·용역에 대해 부가가치세를 면제하도록 하고 있다.

이에 따라 대행사업 수수료를 제외한 직·간접경비, 사업비 등은 '소득'으로 구분할 수 없어 부가가치세 과세대상에 포함되지 않는다는 것이다.

현지홍 의원은 "부가가치세는 5년간 환급절차를 시행할 수 있는 만큼, 한 기관에서만 최근 5년간 10억원 가량의 부가가치세를 과오납 했을 것으로 추정된다"며 "국세청의 환급 절차가 신청주의로 이뤄지고 있는 만큼 도차원 T/F팀을 구성해 대처해 나가야 한다"고 주문했다.

'국세기본법' 제45조의2에 따르면 경정 등의 청구는 법정신고기한일로부터 5년 이내에 가능하다.

이에 오영훈 지사는 "세액 신고 체계에 대한 전반적인 검토가 필요하다고 생각한다"며 "예산담당관과 공기관의 주요 담당자들이 함께 T/F팀을 구성해 즉각 대응하고 환급될 수 있도록 하겠다"고 답했다.

제주도는 도내 17개 출자·출연기관 및 공기업의 부가가치세 납부 현황을 비롯해 위탁사업시 예치된 예산에 대한 이자소득세·법인세 납부 내역 등에 대한 현황조사에 나설 예정이다. 김수환 기자